Úplně skrýt se mi jej taky nepodařilo, ale podařil se mi ten kousek zmenšit na 1px - spusťte gconf-editor a najeďte na apps -> panel -> toplevels -> bottom_panel_screen0 (nebo jiný panel) a změňte auto_hide_size. Ale i když tam bude 0, pořád bude 1px koukat...